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康熙六年丁未正月，有河南人總兵孔元章在京候補，陳情願往臺灣招撫立功。奉旨：「准其馳驛入閩，與藩、院商配招撫。」
五月，元章至福建。航船過臺，傳宣朝廷德意招撫。經厚待元章，以「臺灣遠在海外，非中國版圖。先王在日，亦只差『薙髮』二字。若照朝鮮事例，則可。」元章回，水師提督施琅憤甚，上疏曰：「為邊患宜靖，逆賊難容，謹陳蕩平機宜，以效忠款，以奠永安事。竊照鄭賊負嵎海上，久阻聲教，致乾剿討。遁竄臺灣絕島，恃險負固。雖戢翼斂跡；而蜂蠆有毒，沿邊將為不軌。堂堂天朝，萬國賓服，豈容餘灰以滋蔓患？日者朝廷廣開鴻仁，遣官招徠，德至寬大。茲總兵孔元章招撫回歸，只稱有『的確公議』。臣密詢押船官林元勳，渡載孔元章往臺灣，探賊中情形，未必歸誠實意。使果傾心向化，則海靖邊寧，無庸計論。今使命兩次到彼，並無的當偽官同來輸誠；惟聽口傳，豈可憑信？倘復頑梗如故，似難中止。臣荷恩深重，與賊仇不共戴，視此逆賊跳梁，能無扼腕！雖躬履險阻，身歷波濤，亦必滅此朝食。伏思賊黨盤踞於臺灣，沃野千里；糧食匪缺。上通日本，下達呂宋、廣南等處，火藥軍器之需、布帛服用之物，貿易備具。兼彼處林木叢深，堪於採造舟揖，以致窮島一隅，有熕南顧。為今之計：順則撫之，逆則剿之。若恣其生聚教訓，恐養癰為患！且此時經制船隻，尚堪遠駕過洋，舵梢現有可選。遲之數年，船隻久壞，再造則損內帑之金；舵梢撥散，召募安得慣洋之人？萬一蠢動，實費驅除。以臣愚見，不如乘便進取，以杜後患。夫興師所難，在於招兵、措餉、製器、造船。今欲大舉，所不庸計慮者。閩省水師官兵共一萬有奇，經制陸師及投誠閒曠官兵，為數不少，皆為防海而多設也；就水師中選撥精銳者，可得六七千；海澄公臣黃梧標下慣海並壯練者，可擇選二千有奇；乘投誠尚未撥散，內多有慣海舵梢及精銳者：可選擇數千。此數若未敷足用，就與陸師中酌選，湊共二萬，便可為勁旅，兵在精不在多也。閩省全轄，大小戈船共二百隻，選撥一百七十隻；小快哨一百隻，選撥七十隻；其餘留為防汛及載糧糟、傳報往來軍情之用。應再造大水舟居船十餘隻，以充前鋒；另造渡馬船二十餘隻，便於配載。計此新造三十餘隻之船，為費不多。其經制大小戈船，現在題請例應大修。伏乞動部給此應修銀兩，發付修茸。不用溢額增加，舟揖業已堅牢。將豫備之兵糧船器，充東征之戰勝攻取，無煩徵召，不事蕩費。戮力討平，海甸永清，誠長便之舉也！惟是航海遠征，後先抵岸，各兵湊集，非親征訓練，臨時難以信恃。兵額既定，分撥八千為水，在船以接戰；一萬二千為陸，登岸以進取。臣將此二萬之師分為水陸，躬督擇練。加之數月，將得兵心；兵如將意，方可渡海遠征。至於選任將領，疇堪前矛？疇堪後勁？必其經歷戰功，身先士卒，夙有成效者，乃堪委任。臣於閩中經制及投誠將領，稔知有素。另俟命下之日，會議選撥定數，具冊報聞。臣矢志報國，敢遺餘力？第思任維艱而責綦重，伏乞皇上賜臣稍以便宜，得於軍中申嚴號令，庶膚功克奏。當密敕督、撫、提諸臣，會商妥確：催督修造戰船，備足糧餉，選調官兵，付臣整練完備，相機進取。居者行者各盡更力，則動出萬全。前次東征，兩阻風濤之險，逆賊雖末撲滅，人謀亦未允臧。投誠官兵眷口多在彼處，新附人心，參差未一。鳩烏合之眾以事敻海之表，其未至誤公者，誠賴國家之福。臣奉有成命，勉應擊楫，固逆知其難也。今臣思選撥將士，修茸船隻，操練習熟，紀律嚴明，成算在胸，故敢慮勝而動。蓋澎湖為臺灣四達之咽喉、外衛之藩屏。先取澎湖，勝勢已居其半。是役也，當剿撫並用。舟師進發，若據澎湖以扼其吭，大兵壓近，賊膽必寒，遣員先宣朝廷德意。如大憝熟勢窮，革心歸命；抑黨羽離叛，望風趨附，則善為渡過安插，可不勞而定。倘執迷不悟，甘自殄絕，乃提師進發，次第攻克，端可一鼓而收全局矣。但遠征外島，風信靡常，當假以歲月，不可限以定期。臣整備舟師，枕戊待時，或急據以掩襲，或慎重以制勝。奏捷遲速，雖難預定；然滿腔血誠，賊一日未滅，臣一日未安。籌度時勢，定當掃餘氛而拯黎元，義不可以賊遺君父之憂。且數年以來，沿邊江、浙、閩、粵弓多設水陸官兵，佈置錢糧動費倍增，皆為殘孽未靖之故。如臺灣一平，防兵亦可裁減；地方益廣，歲賦可望，民坐得寧，邊疆永安。誠一時之勞，萬世之逸也。若以臣言可採，伏乞皇上勑部議覆施行。
十月，孔元章至京覆命，以其無定局而中止。
十一月十六日，施琅『講剿疏』上。