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隱居先生，在乎茅山巖嶺之上，以吐納餘暇，頗遊意方技，覽本草藥性，以為盡聖人之心，故撰而論之。
舊說皆稱《神農本草經》，余以為信然。昔神農氏之王天下也，畫易卦以通鬼神之情；造耕種，以省煞害之弊；宣藥療疾，以拯夭傷之命。此三道者，歷羣聖而滋彰。文王、孔子，彖象繇辭，幽賛人天。后稷、伊尹，播厥百谷，惠被生民。岐、皇、彭、扁，振揚輔導，恩流含氣。並歲踰三千，民到於今賴之。
但軒轅以前，文字未傳，如六爻指垂，畫象稼穡，即事成迹。至於藥性所主，當以識識相因，不爾何由得聞。至乎桐、雷，乃著在篇簡。此書應與《素問》同類，但後人多更修飾之耳。秦皇所焚，醫方、卜術不預，故猶得全錄。而遭漢獻遷徙，晉懷奔迸，文籍焚靡，千不遺一。
今之所存，有此四卷，是其本經。所出郡縣，乃後漢時制，疑仲景、元化等所記。又有《桐君採藥錄》，說其華葉形色。《藥對》四卷，論其佐使相須。魏、晉以來，吳普、李當之等，更復損益。或五百九十五，或四百卅一，或三百一十九。或三品混糅，冷熱舛錯，草石不分，蟲獸無辨。且所主治，互有多少。醫家不能備見，則識智有淺深。今輒苞綜諸經，研括煩省。以《神農本經》三品，合三百六十五為主，又進名醫副品，亦三百六十五，合七百卅種。精麁皆取，無復遺落，分別科條，區[田尔]物類，兼注詺世用，土地所出，及仙經道術所須，并此序錄，合為三卷。雖未足追踵前良，蓋亦一家撰製。吾去世之後，可貽諸知音爾。
《本草經》卷上
《本草經》卷中
《本草經》卷下
右三卷，其中、下二卷，藥合七百卅種，各別有目錄，並朱、墨雜書并子注。大書分為七卷。
上藥一百廾種為君，主養命以應天，無毒，多服久服不傷人。欲輕身益氣，不老延年者，本上經。
中藥一百廾種為臣，主養性以應人，無毒、有毒，斟酌其宜。欲遏病補虛羸者，本中經。
下藥一百廾五種為佐、使，主治病以應地，多毒，不可久服。欲除寒熱邪氣，破積聚愈疾者，本下經。
三品合三百六十五種，法三百六十五度，一度應一日，以成一歲。倍其數，合七百卅名。
本說如此。今案上品藥性，亦皆能遣疾，但其勢力和厚，不為倉卒之効，然而歲月將服，必獲大益，病既愈矣，命亦兼申。天道仁育，故云應天。獨用百廾種者，當謂寅、卯、辰、巳之月，法萬物生榮時也。中品藥性，治病之辭漸深，輕身之說稍薄，於服之者，祛患當速，而延齡為緩，人懷性情，故云應人。百廾種者，當謂午、未、申、酉之月，法萬物熟成時也。下品藥性，專主攻擊，毒烈之氣，傾損中和，不可恒服，疾愈則止，地體收煞，故云應地。獨用一百廾五種者，當謂戌、亥、子、丑之月，兼以閏之，盈數加之，法萬物枯藏時也。今合和之體，不必偏用，自隨人患苦，參而共行。但君臣配隸，應依後所說，若單服之者，所不論耳。
藥有君臣佐使，以相宣攝。合和者，宜用一君、二臣、五佐，又可一君、三臣、九佐也。
本說如此。案今用藥猶如立人之制，若多君少臣，多臣少佐，則勢力不周故也。而檢世道諸方，亦不必皆爾。養命之藥則多君；養性之藥則多臣；治病之藥則多佐。猶依本性所主，而兼復斟酌。詳用此者，益當為善。又恐上品君中，復各有貴賤。譬如列國諸侯，雖並得稱君制，而猶歸宗周。臣佐之中，亦當如此。所以門冬、遠志，別有君臣。甘草國老、大黃將軍，明其優劣，不皆同秩。自非農岐之徒，孰敢詮正，正應領略輕重，為分劑也。
藥有陰陽配合，子母兄弟，根葉華實，草石骨肉。有單行者，有相須者，有相使者，有相畏者，有相惡者，有相反者，有相煞者。凡此七情，合和當視之。相須、相使者良，勿用相惡、相反者。若有毒宜制，可用相畏、相煞，不爾，勿合用也。
本說如此。案其主治雖同，而性理不和，更以成患。今檢舊方用藥，並亦有相惡、相反者，服之不乃為忤。或能復有制持之者，猶如寇、賈輔漢，程、周佐吳，大體既正，不得以私情為害。雖爾，恐不如不用。今仙方甘草丸，有防己、細辛；世方五石散，有栝樓、乾薑，略舉大者如此。其餘復有數十餘條，別注在後。半夏有毒，用之必須生薑，此是取其所畏，以相制耳。其相須、相使，不必同類，猶如和羹，調食魚肉，葱、豉各有所宜，共相宣發也。
藥有酸、鹹、甘、苦、辛五味，又有寒、熱、溫、涼四氣，及有毒、無毒，陰乾、曝乾，採治時月生熟，土地所出，真偽陳新，並各有法。
本說如此。又有分劑秤兩，輕重多少，皆須甄別。若用得其宜，與病相會，入口必愈，身安壽延。若冷熱乖衷，真假非類，分兩違舛，湯丸失度，當差反劇，以至殆命。醫者意也，古之時所謂良醫，蓋善以意量得節也。諺言︰世無良醫，枉死者半；拙醫治病，不若不治，喻如宰夫，以䱇鼈為羹，食之更足成病，豈充飢之可望乎？故仲景每云︰如此死者，醫殺之也。
藥有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜酒漬者，宜膏煎者，亦有一物兼宜者，亦有不可入湯酒者，並隨藥性，不得違越。
本說如此。又疾有宜服丸者，宜服散者，宜服湯者，宜服酒者，宜服膏煎者，亦兼參用，察病之源，以為其制耳。